Como em toda cirurgia, há riscos: hipotonia, vazamento da bolsa filtrante, achatamento da câmara anterior, catarata acelerada, infecção da bolsa (blebite) e, em casos raros, endoftalmite. Esses riscos são discutidos caso a caso antes da decisão cirúrgica e comparados com o risco de deixar o glaucoma progredir sem um tratamento mais eficaz.
Um estudo importante (TAGS) mostrou que, em glaucoma avançado, começar com trabeculectomia em vez de apenas colírios resultou em pressão ocular mais baixa ao longo do tempo, com qualidade de vida semelhante. Essa evidência ajudou a posicionar a cirurgia como uma opção mais precoce em certos perfis de paciente, em vez de 'último recurso'.